La desaparición forzada de 43 estudiantes de la Escuela Normal Rural de Ayotzinapa en Guerrero, en septiembre, representó un parte-aguas en cuanto a la percepción internacional de México, un poco como lo había sido el levantamiento zapatista de 1994, provocando una condena unánime y un señalamiento al carácter no aislado de este tipo de hechos en el país. Finalizando el año, la prensa internacional anteriormente muy elogiosa de la administración encabezada por Enrique Peña Nieto sumó titulares cada día más críticos hacia su gobierno y la situación en el país.

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La crisis de derechos humanos en México, que quedó al descubierto con Ayotzinapa, había sido señalada por organizaciones civiles desde mucho antes. Denunciaron que «la crisis humanitaria que enfrenta el país a partir de los testimonios y denuncias de personas desparecidas, asesinadas, desplazadas, torturadas, lesionadas ha sido ignorada, maquillada, escondida, simulada, reducida a estadísticas manejadas por el propio gobierno». Indicaron que «los esfuerzos del gobierno se concentran en mostrar el «momento mexicano» de supuesto progreso y bienestar».

A pesar de cierta presencia mediática al principio del año por el XX aniversario del levantamiento del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN), el tema del conflicto armado no resuelto en Chiapas quedó casi totalmente desparecido en la agenda política oficial. En agosto, el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de Las Casas (CDHFBC) denunció, no obstante, en un boletín titulado «La contrainsurgencia sigue operando en Chiapas», que «[e]n los últimos meses, el Conflicto Armado Interno no resuelto en Chiapas, se ha caracterizado por una continua agresión hacia las Bases de Apoyo de Ejército Zapatista de Liberación Nacional (BAEZLN) con la acción de algunas organizaciones sociales regionales al servicio del Estado».

En los hechos de mayor gravedad, se pueden señalar los siguientes: en enero, unos 300 miembros de la Central Independiente de Obreros Agrícolas y Campesina (CIOAC) Democrática agredieron gravemente a bases de apoyo zapatistas (BAEZLN) en el ejido 10 de Abril, del municipio autónomo 17 de Noviembre, Caracol de Morelia. Los zapatistas pidieron auxilio al hospital San Carlos, en Altamirano, pero los agresores retuvieron por dos horas a quienes venían a sacar a los heridos: desnudaron y agredieron a las monjas a bordo y secuestraron la ambulancia y una camioneta. El 2 de mayo, miembros del Partido Verde Ecologista de México (PVEM), Partido de Acción Nacional (PAN) y de la Central Independiente de Obreros Agrícolas y Campesinos Histórica (CIOAC-H), agredieron a BAEZLN en La Realidad, municipio de las Margaritas y sede de un Caracol (región autónoma) zapatista. Como resultado de la agresión, murió el base de apoyo José Luis Solís López, alias Galeano. En agosto finalmente, BAEZLN del Municipio Autónomo Rebelde Zapatista (MAREZ) San Manuel, municipio oficial de Ocosingo, del Caracol de La Garrucha fueron desplazadas.

Llamativamente, en junio, el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de Las Casas denunció actos de vigilancia y hostigamiento en contra de sus integrantes y miembros de otras organizaciones civiles. Unos de los hechos se dio justamente cuando se estaba formando la Caravana de Solidaridad con destino a La Realidad después de las agresiones de mayo.

A pesar de las agresiones, el EZLN no perdió su capacidad de iniciativas: el 24 de mayo, más de 4 mil (BAEZLN), milicianos, miembros de la Comandancia del EZLN y centenares de personas y organizaciones civiles, nacionales e internacionales se reunieron en la comunidad de La Realidad para dar homenaje a José Luis Solís López, «Galeano». En este marco, el Subcomandante Insurgentes Marcos anunció su desaparición e indicó que su figura fue sólo una botarga (pantomima) mediática utilizada como forma de captación de la atención, porque así convenía a los intereses del EZLN, pero que en la actualidad la «farsa del subcomandante» ya no es necesaria. Ello se da dentro de una lógica de cambios internos que derivan en una dirección completamente indígena del movimiento: «el relevo de mando no se da por enfermedad o muerte, ni por desplazamiento interno, purga o depuración. Se da lógicamente de acuerdo a los cambios internos que ha tenido y tiene el EZLN (…) Pero algunos estudiosos no se han percatado de otros relevos: El de clase: del origen clase mediero ilustrado, al indígena campesino. El de raza: de la dirección mestiza a la dirección netamente indígena».

En agosto, se dio la Primera Compartición de los Pueblos Zapatistas y los Pueblos Originarios de México, nuevamente en La Realidad. Participaron en el evento unos 1.300 delegados y delegadas zapatistas y más de 300 indígenas representantes del Congreso Nacional Indígena (CNI). Denunciaron las diferentes situaciones de despojo que viven los pueblos indígenas en el país y declararon que «hoy les decimos a los poderosos, a las empresas y a los malos gobiernos, encabezados por el criminal jefe supremo de los paramilitares Enrique Peña Nieto que no nos rendimos, que no nos vendemos y no claudicamos». Entre diciembre y enero finalmente se realizó el «Primer Festival Mundial de las Resistencias y las Rebeldías contra el Capitalismo» con actividades en varios estados de la república y finalizó en Chiapas. El 31 de diciembre, el Subcomandante Insurgente Moisés, externó que «ahora lo más urgente es la verdad y la justicia para Ayotzinapa», ya que «lo más doloroso e indignante es que no están con nosotros los 43». El EZLN había cedido su lugar a los familiares y compañeros de los desaparecidos durante el Festival.

De manera general, la impunidad sigue siendo un rasgo fuerte. En octubre, el Tribunal Supremo de Estados Unidos rechazó la apelación interpuesta por 10 personas que demandaron al ex presidente mexicano Ernesto Zedillo Ponce de León (1994-2000) por la masacre de Acteal, municipio de Chenalhó (1997). En noviembre, fueron liberados tres personas acusadas por la misma masacre. Actualmente, solamente quedan encarceladas dos personas por estos hechos. Las masacres de Acteal, Viejo Velasco (municipio de Ocosingo, 2006) y la violencia en la zona Norte (1995-2000) fueron casos presentados en el Tribunal Permanente de los Pueblos (TPP) que cerró este año con una condena a México.

Otro tema omnipresente fue el desplazamiento forzado. Si bien las familias desplazadas de Colonia Puebla, municipio de Chenalhó, regresaron a sus casas en abril, lo hicieron en lo que calificaron como «un retorno sin justicia». En otros casos, las y los desplazados de Banavil (municipio de Tenejapa) y de Aurora Ermita (Pueblo Nuevo Solistahuacán) denunciaron públicamente las condiciones en las que se encuentran, la impunidad y la falta de respuestas de las autoridades.

Finalmente, en el marco de la conmemoración de los 40 años del Congreso Indígena de 1974, se celebró en enero, en San Cristóbal de las Casas, el Congreso Diocesano Pastoral de la Madre Tierra que hizo eco a muchas denuncias de tierra y territorio en el estado. Se acordó, entre otros, el detener a las empresas mineras (que siguen avanzando, por ejemplo en Chicomuselo) y a las políticas públicas gubernamentales que afecten negativamente a los intereses de las comunidades. Por ejemplo, una de las fuentes de movilización y hostigamientos en 2014 fue la oposición a la construcción de la mega-carretera entre San Cristóbal de Las Casas y Palenque. Dos otros casos muy sonados se presentaron en la Reserva de la Biósfera de Montes Azules y en el ejido de San Sebastián Bachajón donde se encuentra la entrada a las cascadas de Agua Azul.