1º de enero: A la víspera del 1º de enero, ante la toma de posesión de las nuevas autoridades municipales elegidas en octubre del 2004, se llevan a cabo manifestaciones, bloqueos de carreteras, y enfrentamientos en Oxchuc, Tila, Sabanilla y otros municipios.

Primera quincena de enero: En el marco de su visita a Chiapas, en la Selva Lacandona el Presidente Fox afirma que el EZLN es un tema que «prácticamente está quedando ya en el pasado y todo el mundo está viendo adelante». La COCOPA expresa un «serio extrañamiento», aunque no de carácter oficial, al faltar quórum en la sesión de emergencia convocada a raíz de estas declaraciones. El gobernador de Chiapas, Pablo Salazar expresa por su parte: «comparto su punto de vista de que el zapatismo como opción armada es cosa del pasado. Hablábamos de las nuevas expresiones del zapatismo, que son civiles, esfuerzos dentro de sus propios territorios para dotarse de nuevas formas de convivencia».

23 de enero: 160 familias tzeltales desalojadas de la biosfera de Montes Azules son reubicadas en Nuevo Montes Azules (municipio de Palenque).

15 de febrero: En Tila, en la zona Norte de Chiapas, tanto el PRI como la Alianza PRD-PT habían declarado su victoria después de las elecciones municipales del 2004. El Tribunal Electoral del Poder Judicial termina dándole la victoria al PRI. Los opositores en plantón frente al palacio municipal son desalojados violentamente el 15 de febrero. 54 personas son detenidas, seis casas resultan quemadas, tres autos destrozados y se realizan bloqueos carreteros intermitentes. Participan en el operativo al menos 800 elementos armados de la Policía Sectorial y Agencia Estatal de Investigaciones (AEI).

7 de abril: La Cámara de Diputados decide retirar la inmunidad del jefe del Gobierno del Distrito Federal de México, Andrés Manuel López Obrador y separarlo de su cargo, para que éste pueda quedar sujeto a un proceso penal por un supuesto desacato.

Finales de abril: Frente a la presión popular, expresada en nutridas manifestaciones, ya no procederá el desafuero de Andrés Manuel López Obrador

18 de mayo: Enlace Civil, organización encargada de apoyar proyectos en los municipios autónomos zapatistas, recibe notificación del Banco Bilbao Vizcaya- Bancomer que sus nueve cuentas bancarias serán canceladas dentro de 31 días, bajo la acusación de «lavado de dinero ilícito».

19 de junio: El EZLN se decreta en Alerta Roja lo cual implicará el cierre de las estructuras autónomas civiles (Caracoles), la reagrupación de las bases de apoyo y el acuartelamiento de los insurgentes zapatistas y la salida de la sociedad civil nacional e internacional presente en esos momentos en los municipios autónomos.

20 de junio: La Secretaría de la Defensa Nacional informa que realizó un operativo en el que se destruyeron 44 plantíos de marihuana en territorio zapatista. Pronto se evidencia que dicho operativo se había realizado fuera de la «zona de conflicto», en municipios que no tienen presencia zapatista. La Secretaria de Gobernación tendrá que desmentir la vinculación.

20-26 de junio: El EZLN publicó varios comunicados:

• 20 de junio: Anunciando la reestructuración política y militar interna del EZLN y aclarando que la Alerta Roja fue una «medida preventiva» para proteger una consulta interna convocada por el CCRI-CG del EZLN (en febrero de 1995, el EZLN estaba realizando una consulta en sus comunidades cuando se dio la ofensiva militar para detener a los comandantes zapatistas);
• 21 de junio: Anunciando a la sociedad civil nacional e internacional que su próximo paso no será una acción militar;
• 26 de junio: Informando que tras la consulta de las asambleas comunitarias el EZLN decidió emprender «una nueva iniciativa política de carácter nacional e internacional» que explicaría a través de la Sexta Declaración de la Selva Lacandona (‘La Sexta’).

29 de junio- 1 de julio: En 3 comunicados, el EZLN presenta la Sexta Declaración de la Selva Lacandona. La Sexta hace un balance de la historia y de la lucha zapatista en estos once años, propone la creación de un nuevo «frente amplio» que construirá conjuntamente un «programa nacional de lucha pero un programa que sea claramente de izquierda, o sea anticapitalista» y caminará hacia una nueva Constitución. En lo internacional, plantea organizar un Encuentro Intergaláctico como el que se llevó a cabo en La Realidad en 1996.

11 de julio: Se levanta la Alerta Roja. Los zapatistas invitan a la sociedad civil nacional e internacional a retomar el contacto con la estructura civil zapatista. Se anuncia la creación de las Comisiones de Información dentro de las oficinas de las Juntas de Buen Gobierno.

Agosto-septiembre: Se organizan varias reuniones «preparatorias» entre la sociedad civil y el EZLN en distintas comunidades de la Selva Lacandona entre agosto y septiembre para preparar la salida de la delegación zapatista a todo el país. En la sesión plenaria a mediados de septiembre, llegan más de 2000 personas al Caracol de La Garrucha.

6 de septiembre: se presenta un enfrentamiento entre bases de apoyo zapatista y el resto de la población en la comunidad Belisario Domínguez, municipio de Salto de Agua.

16 de septiembre: El EZLN anuncia que el subcomandante Marcos como «Delegado cero» encabezará la primera etapa de la Otra Campaña que dará inicio el primero de enero del próximo año en San Cristóbal de las Casas y concluirá el 24 de junio.

5 de octubre: En la primera semana de octubre, el paso del huracán Stan afecta dramáticamente Chiapas, Guatemala y El Salvador. En el sur de Chiapas se calcula que Stan destruye más de 18 mil casas y 174 escuelas. El huracán deja más de 88 comunidades aisladas, quiebra más de 20 puentes, y destruye muchas carreteras.

Mediados de octubre: Se denuncia que miembros de la Organización para la Defensa Indígena y Campesina (OPDDIC) planean desmantelar el municipio autónomo de Olga Isabel y detener a sus autoridades.

28 de octubre-2 de noviembre: «Semana para los muertos, desparecidos y encarcelados», iniciativa propuesta por el EZLN en la sesión plenaria de la Otra Campaña en septiembre y retomada en varias partes del país.

2 de noviembre: En El Limar, municipio de Tila, zona Norte de Chiapas, unas 200 personas procedentes de 11 comunidades se reúnen para conmemorar a los más de 120 asesinados y desaparecidos en la región entre 1994 y 2000.

20 de noviembre: En un comunicado del EZLN, se anuncia la disolución del Frente Zapatista de Liberación Nacional (FZLN).

25 de noviembre: El EZLN anuncia la creación de la Comisión Intergaláctica que encabezará el Teniente Coronel Moisés.