1999

7 de febrero: el priista René Juarez Cisneros gana las elecciones a gobernador.

22 de febrero: 25 mil personas marchan en Acapulco sosteniendo que hubo fraude en las elecciones a gobernador y pidiendo que se revisen los comicios.

14 de abril: organizaciones campesinas y sociales, la dirigencia estatal del PRD y la Comisión Estatal de Derechos Humanos (CODDEHUM) se manifiestan a favor de la reapertura del caso de la masacre de Aguas Blancas.

20 y 21 de abril: militares matan a dos indígenas mixtecos (uno de ellos, menor de edad), violan a dos mujeres mixtecas en Barrio Nuevo San José, y matan a otro indígena en una comunidad vecina, en el municipio de Tlacoachistlahuaca, Costa Chica.

2 de mayo: los campesinos ecologistas Rodolfo Montiel Flores y Teodoro Cabrera García de la Organización de Campesinos Ecologistas de la Sierra de Petatlán y Coyuca de Catalán (Costa Grande) son detenidos de manera ilegal, torturados, trasladados a instalaciones militares y procesados tras la fabricación de expedientes delictivos por parte del Ejército Mexicano. Otro campesino, Salomé Sánchez Ortiz, es ejecutado. Un año después, la CNDH emite la recomendación 8/2000 donde señala que se violaron los derechos humanos de los ecologistas, porque el Ejército Mexicano los torturó, les sembró armas y enervantes, y los mantuvo ilegalmente en su poder por lo menos durante dos días y medio.

3 de mayo: la Organización Indígena de los Pueblos Mixtecos y Tlapanecos (OIPMT) de Ayutla de Los Libres (Costa Chica) presenta una queja ante los servicios estatales de salud por la esterilización forzada de hombres y mujeres indígenas mediante engaño (promesas y amenazas de quitarles las ayudas económicas sino se sometían a la operación).

23 de septiembre: el ERPI ataca a un convoy militar cerca de Ayutla, 3 soldados son heridos.