Del 30 de diciembre de 2006 al 2 enero de 2007: Se celebra el Primer Encuentro de los Pueblos Zapatistas con los Pueblos del Mundo en Oventic, Caracol 2, Altos de Chiapas.

Enero: Amnistía Internacional (AI) denuncia que el gobierno de Felipe Calderón «carece de una visión de protección de los derechos humanos».

19 de enero: Son extraditados a Estados Unidos varios capos del narcotráfico que tenían procesos pendientes en México, una decisión justificada por Presidente Calderón como necesaria ante la vulnerabilidad de los jueces mexicanos.

25 de enero: El Gobernador de Chiapas, Juan Sabines Guerrero, anuncia la creación de una Comisión Especial «para revisar la situación legal en la que se encuentran diversas personas que se hayan privado de su libertad en cumplimiento a una sentencia penal», con el objetivo de favorecer la reconciliación, pero «sin poner en duda las razones y circunstancias en las que la justicia de Chiapas dictó sentencia».

Febrero: Andrés Manuel López Obrador (ex candidato presidencial) se declara «recuperado» del «golpe» que supuso el supuesto fraude electoral y afirma estar ya considerando las próximas elecciones presidenciales en 2012. Empieza una gira por todos los municipios de México.

21 de marzo: El Relator Especial de la Organización de las Naciones Unidas sobre los Derechos Humanos y las Libertades Fundamentales de los Pueblos Indígenas, Rodolfo Stavenhagen, señala a México como un ejemplo de país con tendencia a la criminalización de la protesta social de los pueblos indígenas y a la represión por la fuerza pública.

25 de marzo: La segunda etapa de la Otra Campaña se pone en marcha con la salida de tres delegaciones de comandantes, comandantas y el subcomandante Marcos, que recorren el norte del país hasta principios de junio.

Abril: El presidente de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), Florentín Meléndez, visita México. En el informe entregado por organizaciones civiles sobre la situación de los derechos humanos, destacan que el gobierno del presidente Calderón «no ha hecho ningún pronunciamiento público sobre cuál será su política en este tema».

1º de abril: Luís H. Álvarez, titular de la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas y ex-Comisionado gubernamental para la Paz en Chiapas declara que el «EZLN ya no es un interlocutor para el gobierno de Felipe Calderón», ya que, según él, no representa ni está integrado por las comunidades indígenas.

9-10 de abril: El relanzamiento del controvertido Plan Puebla-Panamá se confirma con la realización de una cumbre en Campeche (México), con la participación de jefes de estado de Centro y Sudamérica y gobernadores mexicanos.

1 de julio: Un año después de las elecciones federales, una manifestación en apoyo de López Obrador llena el zócalo de la Ciudad de México.

5-10 de julio: Ocho cargas explosivas son detonadas en los ductos de Petróleos Mexicanos (Pemex) ubicados en Guanajuato y Querétaro. El Ejército Popular Revolucionario (EPR) reclama la autoría de las acciones, afirmando que forman parte de una campaña de hostigamiento contra el gobierno de Felipe Calderón para exigir la aparición con vida de dos de sus miembros desaparecidos en Oaxaca desde el mes de mayo de este año.

12 julio: Se concede un amparo definitivo a Luis Echeverría, acusado de genocidio por su rol como Secretario de Gobernación en el marco de la matanza de Tlatelolco del 2 de octubre de 1968.

16 de julio: La violencia vuelve a estallar en Oaxaca: durante más de tres horas, miembros y simpatizantes de la APPO se enfrentan con policías, dejando un saldo de unas 42 personas heridas de ambos bandos y 60 detenidos.

21-30 de julio: Se realiza en tres de los cinco Caracoles zapatistas el Segundo Encuentro de los Pueblos Zapatistas con los Pueblos del Mundo con la participación de más de 3 mil personas.

18 de agosto: En la Reserva de la Biosfera de Montes Azules se realiza un operativo policíaco y militar para desalojar a 39 familias de las comunidades Buen Samaritano y San Manuel (Ocosingo).

1º de septiembre: El presidente Felipe Calderón rinde su primer informe de gobierno en medio de un fuerte operativo policíaco. En una ceremonia de menos de cinco minutos, entrega su informe ante más de un centenar de bancas vacías ya que los legisladores de izquierda optaron por retirarse del Congreso.

6 de septiembre: Los pobladores de Nuevo San Manuel y de Buen Samaritano (Montes Azules), desalojados de sus comunidades el día 18 de agosto, son trasladados de La Trinitaria a Ocosingo, tras un acuerdo de las familias con el gobierno estatal.

24 de septiembre: El EZLN decide suspender la gira de los comandantes zapatistas por el sur y el centro del país, inicialmente prevista de septiembre a diciembre, debido a lo que denuncian como una nueva ofensiva gubernamental contra las comunidades zapatistas.

2 de octubre: Más de 100 grupos y organizaciones conforman el Frente Nacional Contra la Represión ante lo que denuncian como una nueva fase en la guerra sucia contra los luchadores sociales.

7 de octubre: Se llevan a cabo elecciones en Chiapas para 118 presidencias municipales y 40 diputaciones locales. El PRI gana la mayoría de los puestos disputados.

11-14 de octubre: Se realiza el Encuentro de Pueblos Indígenas de América en la comunidad Yaqui de Vícam (Sonora) en medio de un operativo policíaco. Asisten 570 delegados indígenas representando a 66 pueblos procedentes de 12 países americanos.

17 de octubre: La Oficina del Alto Comisionado para los Derechos Humanos de la Organización de las Naciones Unidas advierte que, debido a la incidencia de amenazas y homicidios contra comunicadores, México «está a la cabeza» en el ámbito mundial en materia de «limitaciones a la libertad de expresión».

Finales de octubre: Se lanza la Iniciativa Mérida, también llamada ‘Plan México’. El gobierno de Estados Unidos aportará 1,400 millones de dólares a una estrategia conjunta con México para combatir al narcotráfico, incorporando elementos militares, jurídicos y de ayuda al desarrollo. Voces críticas señalan los pocos resultados del hermano Plan Colombia, así como el gran riesgo que la Iniciativa supone en cuanto a posibles violaciones de los derechos humanos contra la población civil mexicana.

Octubre-noviembre: Inundaciones severas en la temporada de lluvias dejan más de un millón de damnificados en Tabasco y en los municipios del norte de Chiapas.

17 al 20 de noviembre: Caravana de la Otra Campaña por la Defensa de Los Derechos Humanos y Colectivos de los Pueblos Zapatistas realiza una visita a comunidades zapatistas.

22 de noviembre: La Red Solidaria Década Contra la Impunidad señala que hay más de 500 presos políticos en México.

4 de diciembre: Un año después de haber sido detenido, el indígena Diego Méndez Arcos, considerado por Amnistía Internacional como «preso político», es puesto en libertad. Estaba detenido por el caso de las muertes ocurridas durante el desalojo del predio Viejo Velasco Suárez.

13-17 de diciembre: En memoria del historiador Andrés Aubry, el EZLN, la Revista Contrahistorias y el CIDECI-Unitierra (San Cristóbal de las Casas) realizan el «Primer coloquio internacional in memoriam Andrés Aubry» con la participación de intelectuales nacionales e internacionales de la izquierda, junto con el Subcomandante Marcos. En su participación el día 16, el Subcomandante afirma ser el jefe militar del EZLN y que después del Coloquio ya no saldrá más en actividades públicas. Prosigue: «Quienes hemos hecho la guerra sabemos reconocer los caminos por los que se prepara y acerca. Las señales de guerra en el horizonte son claras. La guerra, como el miedo, también tiene olor. Y ahora se empieza ya a respirar su fétido olor en nuestras tierras. En palabras de Naomi Klein, debemos prepararnos para el shock.»

20-22 diciembre: El décimo aniversario de la masacre de Acteal se conmemora en el mismo Acteal con un Encuentro Nacional Contra la Impunidad los días 20 y 21 y una misa el día 22.

28 diciembre de 2007 al 2 enero de 2008: Se lleva a cabo el Tercer Encuentro de los pueblos zapatistas con los Pueblos del Mundo y el Primer Encuentro de las Mujeres Zapatistas «La Comandanta Ramona y las Zapatistas» en el Caracol 3 de La Garrucha.