1^er janvier : La veille du 1er janvier, lors de la prise de possession des nouvelles autorités municipales élues en octobre 2004, des manifestations et des blocages de route sont organisées. Des affrontements se produisent entre autres à Oxchuc, Tila et Sabanilla.

Première quinzaine de janvier : Dans le cadre d’une visite au Chiapas, dans la Forêt Lacandone, le Président de la République Vicente Fox affirme que l’EZLN est un thème qui « dans la pratique, appartient déjà au passé, alors que tout le monde regarde vers l’avant ». La COCOPA exprime un « sérieux étonnement », mais ceci de manière non officielle, du fait du manque de quorum lors de la session convoquée en urgence suite à ces déclarations. Le Gouverneur du Chiapas, Pablo Salazar Mendiguchía exprime de son côté : « je partage son point de vue quant au fait que le zapatisme comme option armée est une chose qui appartient au passé. Nous parlions des nouvelles expressions du zapatisme, qui sont du domaine civil, les efforts au sein de leur propre territoire pour se doter de nouvelles formes de cohabitation. »

23 janvier : 160 familles indigènes tzeltales sont expulsées de la biosphère de Montes Azules et réinstallées dans le village « Nouveau Montes Azules », municipalité de Palenque.

15 février : A Tila, dans la zone Nord du Chiapas, tant le PRI comme son concurrent, l’Alliance PRD-PT, avaient crié victoire lors des élections municipales de 2004. Le Tribunal Électoral du Pouvoir Judiciaire finit par déclarer le PRI vainqueur. Les opposants occupent la place de la mairie avant d’être expulsés de force le 15 février. 54 personnes sont arrêtées, six maisons sont brûlées et trois voitures sont détruites. Les routes sont aussi bloquées de manière intermittente. Plus de 800 éléments armés de la Police Sectorielle et de l’Agence d’Enquête du Chiapas participent à l’opération pour reprendre le contrôle de la ville.

7 avril : La Chambre des Députés décide de lever l’immunité du Chef du Gouvernement du District Fédéral de Mexico, Andrés Manuel López Obrador, ainsi que de le démettre de ses fonctions afin qu’il soit soumis à un procès pénal pour un délit présumé.

Fin avril : Face à la pression populaire qui s’est exprimée au travers de manifestations massives dans la capitale mexicaine, le processus visant à lever l’immunité d’Andrés Manuel López Obrador est finalement suspendu.

18 mai : Enlace Civil, une organisation qui soutient des projets dans les municipalités autonomes zapatistes, reçoit un avis de la banque Bilbao Vizcaya Argentaria – BBVA-Bancomer lui annonçant la prochaine fermeture de ses neuf comptes bancaires en l’accusant sans preuves de « blanchiment d’argent illicite ».

19 juin : L’EZLN se déclare en Alerte Rouge, ce qui a implique entre autres :

• La fermeture des structures autonomes civiles zapatistes (les ‘Caracoles‘). Leurs membres se mettent « à l’abri » et continuent leur travail de manière « transhumante » ;
• Le regroupement des commandants militaires, des bases de soutien et des insurgés zapatistes qui réalisaient un travail social dans les villages ;
• La sortie de la société civile nationale et internationale présente à ce moment-là dans les municipalités autonomes.

20 juin : Le Ministère de la Défense informe qu’il a réalisé une opération de destruction de 44 pieds de marihuana en territoires zapatistes. Il s’est rapidement avéré que cette opération s’était déroulée en dehors de la ‘zone de conflit’, dans des municipalités sans présence zapatiste. Le Ministère de l’Intérieur est alors amené à démentir ses propos.

Du 20 au 26 juin : L’EZLN publie une série de communiqués :

• 20 juin : Elle annonce une restructuration politique et militaire à l’intérieur de l’EZLN;
• 20 juin: Elle clarifie que l’Alerte Rouge a été une « mesure de prévention » pour protéger un processus de consultation interne convoquée par l’EZLN (il faut rappeler qu’une autre consultation zapatiste en février 1995 avait coïncidé avec une offensive militaire pour mettre en détention le commandement zapatiste) ;
• 21 juin : Elle annonce à la société civile nationale et internationale que la prochaine étape de l’EZLN ne sera pas une action militaire ;
• 26 juin : Elle informe qu’après un processus de consultation réalisée lors d’assemblées communautaires, l’EZLN a décidé de lancer « une nouvelle initiative politique de caractère national et international » qu’elle expliquera de manière plus détaillée par le biais de la Sixième Déclaration de la Forêt Lacandone (texte connu par la suite comme la « Sexta »).

Du 29 juin au 1er juillet : Par le biais de 3 communiqués, l’EZLN présente la Sixième Déclaration de la Forêt Lacandone. La « Sexta » dresse un bilan de l’histoire et de la lutte zapatiste au cours des 11 dernières années : « une nouvelle étape dans la lutte indigène n’est possible que si l’indigène s’allie (…) aux ouvriers de la ville et des champs ». Dans ce document, l’EZLN propose une Autre Campagne et la création d’un nouveau « front de lutte » afin de créer conjointement un « programme national de lutte, mais un programme qui soit clairement de gauche, c’est-à-dire, anticapitaliste » et de pouvoir donner lieu à une nouvelle Constitution. A échelle internationale, la Sexta propose également d’organiser une rencontre intergalactique comme celle de la Realidad en 1996.

11 juillet : L’Alerte Rouge est levée. Les zapatistes invitent la société civile nationale et internationale à renouer contact avec la structure civile zapatiste. Ils annoncent la création des Commissions d’Information à l’intérieur des bureaux des Comités de Bon Gouvernement.

5 août : Le représentant de la COCOPA auprès du Congrès, Fernel Gálvez Rodríguez, affirme que l’attention, la sécurité et la vigilance du parcours que l’EZLN réalisera dans tout le territoire national sera la responsabilité directe du gouvernement fédéral.

15 août : Le Centre des Droits Humains Fray Bartolomé de Las Casas dénonce le déplacement forcé de plusieurs familles de la communauté de Andrés Quintana Roo, municipalité de Sabanilla, suite aux agressions et menaces de personnes liées au groupe « Développement, Paix et Justice » (DP&J). Des rumeurs quant à la possible réactivation de DP&J, organisation accusée d’être paramilitaire, circulent dans la zone Nord du Chiapas.

Août-septembre : Plusieurs réunions entre l’EZLN et la société civile se tiennent dans différents villages de la Forêt Lacandone afin de préparer le lancement de l’Autre Campagne à travers le pays. 2069 personnes assistent à la session plénière réalisée en septembre au Caracol de La Garrucha.

6 septembre : Affrontement entre des bases de soutien zapatistes et le reste de la population de la communauté Belisario Domínguez, dans la municipalité de Salto de Agua.

16 septembre : L’EZLN annonce que le sous-commandant Marcos dirigera la première étape de l’Autre Campagne, qui commencera le 1er janvier 2005 à San Cristóbal de las Casas et se terminera le 24 juin à Mexico.

Début octobre: le passage de l’ouragan Stan affecte dramatiquement le Chiapas, le Guatemala et le Salvador. Dans le sud du Chiapas, on estime que Stan a détruit plus de 18.000 maisons et 174 écoles. Il laisse plus de 88 villages sans communication,a détruit plus de 20 ponts et endommagé de nombreuses routes.

Mi-octobre : A la mi-octobre des habitants de la zone dénoncent que des membres de l’Organisation pour la Défense Indigène et Paysanne (OPDDIC) planifient de démanteler la municipalité autonome Olga Isabel et d’arrêter ses autorités.

Du 28 octobre au 2 novembre : La « Semaine pour les morts, disparus et prisonniers », une initiative proposée par l’EZLN lors de la session plénière de l’Autre Campagne en septembre se réalise dans plusieurs régions du pays.

2 novembre : A El Limar, municipalité de Tila, zone Nord du Chiapas, environ 200 personnes provenant de 11 villages se réunissent pour commémorer les plus de 120 assassinés et disparus dans la région entre 1994 et 2000.

20 novembre : Dans un communiqué, l’EZLN annonce la dissolution du Front Zapatiste de Libération Nationale (FZLN).

25 novembre : L’EZLN annonce la création de la Commission Intergalactique qui sera dirigé par le Lieutenant Coronel Moisés.