1^er janvier : L’EZLN rompt le silence. Lors d’une des manifestations les plus fréquentées jusqu’à ce jour, plus de 20 mille indigènes bases de soutien zapatistes occupent la ville de San Cristóbal. L’EZLN condamne les trois principaux partis politiques mexicains pour avoir trahi le fond des Accords de San Andrés en approuvant la loi indigène de 2001. Elle prévient le Commissaire pour la paix du gouvernement qu’elle ne lui permettra plus d’entrer dans ses territoires.

A partir de janvier : L’EZLN présente un « Calendrier de la Résistance », 12 documents par le biais desquels le sous-commandant Marcos présente une radiographie des luttes qui existent dans le reste du Mexique (en reprenant la même route que la Marche de la Couleur de la Terre avait suivi en 2001).

30 avril : Le pape Jean Paul II nomme Enrique Díaz Díaz comme évêque auxiliaire de San Cristóbal de Las Casas.

8 mai : Le gouvernement de l’état et les dirigeants lacandons signent une trêve qui suspend l’expulsion de nouvelles communautés de la réserve de la biosphère de Montes Azules. Les autorités s’engagent à leur accorder différents bénéfices économiques tandis que les lacandons mettent fin à leurs tentatives d’expulsion d’autres groupes indigènes de la zone.

Du 5 au 8 mai : La Rencontre Hémisphérique face à la Militarisation réalisée à San Cristóbal de Las Casas réunit près de 1000 personnes appartenant à 272 organisations originaires de 35 pays.

11 et 12 mai : Lors de la Réunion Continentale et Globale contre la ZLEA et l’OMC à Mexico, les délégués de plus de 150 organisations internationales s’accordent sur un agenda mondial de mobilisations.

17 mai : plus de 400 membres de 92 organisations sociales et ONG participent à la Rencontre « Réponse et Résistance Mesoaméricaine face à la Mondialisation Néolibérale », qui se tient à Oaxaca.

28 mai : Avec un investissement initial de 75 millions de pesos, le gouverneur Pablo Salazar met en marche le programme ‘Vida mejor’ (Vivre mieux) dont l’objectif est d’aider 260 micro-régions pauvres et marginalisées.

3 juin : Le porte-parole de l’ONU sur la Situation des Droits Humains et Libertés Fondamentales des Peuples Indigènes, Rodolfo Stavenhagen, commence une visite officielle au Mexique.

6 juillet : On dénonce différentes actions violentes au Chiapas durant les élections législatives, en particulier à San Juan Cancuc, Zinacantán et Chenalhó. A échelle fédérale, on enregistre le plus fort taux d’abstentionnisme dans l’histoire récente du pays.

18 au 24 juillet : au Honduras, durant les Journées de Résistance 2003, une série de forums et de rencontres cherchent à renforcer les luttes populaires en Mesoamérique et aux Caraïbes, ainsi qu’à rechercher des alternatives aux projets économiques.

19 juillet : Le bureau spécial créé pour enquêter sur le cas de Digna Ochoa conclut ses enquêtes sur la mort de l’avocate en soutenant la thèse du « suicide simulé », une conclusion remise en question par plusieurs ONG des droits Humains.

Juillet : L’EZLN annonce une série de changements quant à son fonctionnement interne et sa relation avec la société civile nationale et internationale(sept documents qui forment la « Treizième Stèle »).

8-10 août : Pour mettre en place l’autonomie établie dans les Accords de San Andrés, lors d’un acte public célébré à Oventic, le commandement de l’EZLN annonce la disparition des Aguascalientes, la création des Caracoles et des Comités de Bon Gouvernement.

Septembre : Dans la zone Nord, des indigènes choles annoncent leur décision de délimiter leurs territoires dans lesquels les lois zapatistes prévaudront. L’installation de pancartes zapatistes conduit à une augmentation de la tension dans la région.

10 septembre : Un Forum Indigène est organisé par le Congrès National Indigène (CNI) durant la réunion ministérielle de l’OMC à Cancún. L’EZLN envoie plusieurs communiqués.

11 septembre : Le président du conseil autonome de Miguel Hidalgo comparait devant un juge pénal pour faire un déclaration sur la détention de trois zapatistes qui transportaient un chargement de bois et de charbon « pour usage domestique » et accusés d’écocide. Les détenus sont libérés rapidement.

Septembre/octobre : Série de conflits entre des membres de la Centrale Indépendante des Ouvriers Agricoles et Paysans (CIOAC) et des zapatistes suite à la détention d’Armín Morales Jiménez de la part de miliciens de l’EZLN pour le délit présumé d’abus de confiance. Le Comité de Bon Gouvernement ‘Vers l’Espérance’ le libère début octobre :On suppose que le gouvernement de l’état a payé les 80 mille pesos que le conseil autonome de San Pedro de Michoacán exigeait comme paiement d’un camion propriété d’une base de soutien zapatiste et qu’Armín Morales aurait vendu à une autre personne.

12 octobre : Rencontre des Nations Indigènes du Mexique. Environ 200 représentants d’organisations indigènes affirment que le fait de ne pas avoir approuvé le projet de Loi de la COCOPA a été une « trahison de la part des législateurs » et qu’il ne leur reste plus qu’à construire l’autonomie par la voie des faits. Ils se prononcent également à faveur des Comités de Bon Gouvernement zapatistes.

13 octobre : De visite au Chiapas, le Ministre de l’Intérieur, Santiago Creel, affirme que le gouvernement fédéral attend la réponse des Congrès des états quant à la réforme constitutionnelle en matière indigène « pour faire une évaluation » et présenter un paquet de projets de loi au Congrès de l’Union. De son côté, le gouverneur du Chiapas, Pablo Salazar Mendiguchía, reconnaît que les efforts de l’EZLN en créant les comités de bon gouvernement « sont intéressants ». Il explique si dans le passé le gouvernement de l’état faisait partie du conflit, il est désormais respectueux des décisions des communautés zapatistes.

17 novembre : 20^ème anniversaire de l’EZLN réalisé de manière interne et à porte fermée.

8 décembre : le président Vicente Fox accepte les 32 recommandations issues du diagnostic élaboré par le Bureau du Haut Commissaire des Nations Unies pour les Droits Humains.