En los primeros meses del año, el gobierno de Fox sigue cumpliendo con algunas de las señales pedidas por los zapatistas para reanudar el dialogo: liberación de presos zapatistas y retiro de algunas posiciones militares. En abril, el Ejército se repliega de las comunidades de Guadalupe Tepeyac, La Garrucha y Río Euseba, cumpliendo así con una de las tres condiciones.

A finales de febrero, los zapatistas realizan su Marcha al DF para defender ante el Congreso de la Unión la reforma sobre derechos indígenas elaborada por la COCOPA en 1996. Después de recoger un multitudinario apoyo popular en los doce estados por donde pasó la Marcha, el EZLN habla en la Cámara de Diputados en un momento esperanzador para el proceso de diálogo. Sin embargo, en abril, el Congreso de la Unión aprueba una ley sobre derechos y cultura indígena que el EZLN considera como una traición por no retomar partes importantes de los Acuerdos de San Andrés y de la ley COCOPA. La reforma aprobada, aunque representa un avance, restringe significativamente el concepto de autonomía indígena: no considera a las comunidades y pueblos indios como entidades de derecho público, ni reconoce sus derechos al territorio, al uso y disfrute de los recursos naturales, así como la asociación de comunidades y municipios. Después de este fracaso, el EZLN se repliega en el silencio de la Selva.

Los congresos estatales con mayor población indígena del país (Morelos, Chiapas, Guerrero, Hidalgo, San Luis Potosí, Oaxaca) rechazan la ley indígena. Las organizaciones y comunidades indígenas, por su parte, presentan ante la Suprema Corte de Justicia de la Nación 330 recursos constitucionales contra la reforma aprobada, y varias reclamaciones ante la OIT. A pesar de la polémica, dicha ley es promulgada en agosto.

En una gira por Europa, el presidente Fox declara: todo está en paz y tranquilidad en Chiapas . Menciona en este sentido el retorno de los desplazados. Ciertamente, entre agosto y diciembre, se realizan varios retornos de la Organización Civil Las Abejas. Sin embargo, Las Abejas afirman que su retorno fue forzado porque las condiciones de vida eran intolerables y se les había cortado la ayuda humanitaria. Denuncian que los grupos paramilitares siguen armados y que varios culpables de la masacre de Acteal siguen libres.

EL EZLN por otro lado se encuentra en resistencia , ejerciendo la autonomía por la vía de los hechos y rechazando toda asistencia de los gobiernos estatal y federal. Esto genera permanentes conflictos entre las bases zapatistas y otras organizaciones indígenas -antes aliadas- que aceptan los programas sociales y económicos gubernamentales.

Al final del año, el PRI vuelve a obtener la mayoría en el Congreso local y en los ayuntamientos.