30 de enero: En Europa, el presidente Zedillo afirma que los zapatistas no tienen ni «un gramo de buena fe», aunque acota que si los zapatistas deciden o no reanudar las negociaciones «es una parte muy menor de la solución» del conflicto en Chiapas cuando lo más importante es resolver el problema de desarrollo y pobreza de la entidad.

4 de febrero: La presidente relatora del Grupo de Trabajo sobre Pueblos Indios de la ONU, Erika Irene Daes, al concluir su visita a México, pide al gobierno mexicano que respete los Acuerdos de San Andrés.

1 de mayo: Se posesiona el nuevo obispo de San Cristóbal de las Casas: Monseñor Felipe Arizmendi Esquivel, sucesor de Mons. Samuel Ruiz.

1 de julio: Entra en vigor el tratado de libre comercio con la Unión Europea.

2 de julio: Vicente Fox, postulado por el Partido Acción Nacional (PAN) y el Partido Verde Ecologista Mexicano (PVEM), gana las elecciones presidenciales con el 43.43% de votos.

20 de agosto: Pablo Salazar, de la Alianza por Chiapas, gana la gobernatura de Chiapas con 535.860 votos (51.50%).

17 de octubre: Más de 96 familias desplazadas, miembros de Las Abejas, se reubican cerca de la comunidad de Naranjatik Bajo, municipio de Chenalhó. Se trata de desplazados de la comunidad de Yibeljoj, que desde noviembre de 1997, vivían en el campamento de Xoyep.

18 de octubre: El presidente Zedillo expropia 3,5 hectáreas del ejido Amador Hernández, comunidad zapatista en el municipio de Ocosingo, para construir instalaciones militares.

28 de octubre: La Procuraduría General de la República detiene a 11 miembros de los supuestos grupos paramilitares Paz y Justicia, y Unión Campesina e Indígena Agropecuaria y Forestal (UCIAF, escisión de Paz y Justicia) en la zona Norte, acusados de terrorismo, posesión de armas de uso exclusivo del Ejército, asociación delictuosa, motín, delincuencia organizada, lesiones, daños y despojo.

13 de noviembre: La comunidad Miguel Utrilla, municipio de Chenalhó, impide con violencia a la Procuraduría General de la República (PGR) de realizar un operativo en el que participaron 150 policías judiciales federales y 20 agentes del Ministerio Público con el fin de buscar armas en manos de presuntos paramilitares.

28 de noviembre: El presidente electo, Vicente Fox, conforma su gabinete. Luis H. Alvarez es nombrado Comisionado para la Paz en Chiapas. El EZLN lo definirá posteriormente como un «interlocutor válido».

1 de diciembre: El presidente electo, Vicente Fox, toma posesión de su cargo. Afirma que combatirá la corrupción y la impunidad, y se compromete a solucionar el conflicto chiapaneco. Fox ordena el retiro de 53 retenes militares de la zona de conflicto y parar los patrullajes y sobrevuelos del Ejército.

2 de diciembre: El EZLN pide tres señales al Ejecutivo para reiniciar el diálogo: cumplimiento de los Acuerdos de San Andrés a través de la aprobación de la ley COCOPA, libertad para todos los presos políticos zapatistas, cierre de siete campamentos militares «de las 259 que mantiene actualmente en la zona de conflicto». Anuncia la caravana zapatista a la ciudad de México para demandar al Congreso de la Unión el cumplimiento de los Acuerdos de San Andrés.

5 de diciembre: El presidente Fox entrega la iniciativa de ley de la COCOPA al Congreso.

20 de diciembre: El recién posesionado gobernador, Pablo Salazar, deroga la Comisión Estatal para la Remunicipalización creada por el gobierno de Albores Guillén y que fundó siete nuevos municipios, principalmente en zonas zapatistas.

22 de diciembre: El Ejército desocupa la base militar de Amador Hernández (Selva). El gobierno federal restituye el predio a la comunidad expropiado por el ex presidente Zedillo en octubre de 2000.

23 de diciembre: El presidente Fox elimina el requisito de permiso previo para ser observador de Derechos Humanos en México.

31 de diciembre: El Ejército mexicano desaloja el segundo cuartel militar, de Jolnachoj, municipio San Andrés Larrainzar.